La preocupación por la formación integral ha sido manifestada por distintos miembros de la familia franciscana, conscientes de la necesidad de conocer, preservar y recrear el ostensible patrimonio de la propia tradición y sus particulares valores.

Dentro de la congregación de los Hermanos Menores Capuchinos ha existido un especial interés por potenciar esta dimensión. En 1996, el Ministro General instaba a la reflexión sobre la formación en los valores propios, resaltaba la inexistencia de un programa franciscano adecuado  y proponía a los Ministros Provinciales y a los responsables de la misma que se iniciara un estudio de las necesidades en este ámbito. Entonces, la Conferencia Ibérica de Capuchinos (CIC), dio inicio a una etapa de reflexión al interior de las provincias. Se realizaron evaluaciones respecto de los espacios de formación existentes y, como resultado de las mismas, se hizo patente la necesidad de ahondar y arraigar en los valores propios de la vocación franciscana en el mundo de hoy. Se concluyó que era necesario proporcionar elementos teóricos que permitieran conocer, valorar y enraizar la identidad de lo específicamente franciscano y de completar con éstos los estudios teológicos básicos.

Así, teniendo en cuenta el menor número de hermanos, la supresión de los centros de estudios propios de la Orden y  los retos que la sociedad plantea a la opción por la vida consagrada, se vio la necesidad de aunar esfuerzos para constituir un centro de formación interprovincial que profundizara en el ideario y los valores propios de la espiritualidad franciscana.

Se propuso la creación de un Programa de Estudios como proyecto alternativo al Plan Trienal de formación franciscana capuchina que operó durante más de veinte años. Tal programa surgiría en el marco más amplio de una Escuela, constituida como comunidad académica y fraterna en la que participaran religiosos, laicos y todas aquellas personas interesadas en el pensamiento franciscano, y que, además, sirviera como lugar de reflexión acerca de la problemática social y religiosa contemporánea desde una perspectiva auténticamente franciscana. Además, puesto que los análisis realizados habían hecho explícita la inquietud por la formación de los nuevos candidatos a la vida religiosa franciscana en varias congregaciones, la CIC invitó a otras ramas de la familia franciscana para proponerles un proyecto conjunto de actuación. La propuesta fue bien recibida, lo que permitió prever el interés que este proyecto podía suscitar entre las diversas comunidades franciscanas en España, Portugal e Iberoamérica.

Así, en la reunión 123 de la Conferencia Ibérica de Capuchinos, que tuvo lugar en el convento de Pamplona, se acordó, por unanimidad, crear la Escuela Superior de Estudios Franciscanos (E.S.E.F.).

La ESEF surge entonces, principalmente, como un instrumento en el proceso de formación de las/os religiosas/os franciscanas/os, a la vez que pretende la participación de todas las personas que deseen aproximarse a la espiritualidad, la historia, la filosofía y teología franciscanas, conscientes de los retos planteados por la sociedad contemporánea a la vida religiosa, e incluso al pensamiento franciscano.