El Plan de Estudios que se ofrece en la actualidad abarca seis módulos temáticos.

Un Módulo propedéutico en el que se presentan los fundamentos de la espiritualidad franciscana; las claves para conocer la hermenéutica franciscana de los textos bíblicos; los fundamentos bíblico-teológicos del carisma franciscano y la presentación sistemática de las fuentes franciscanas.

El Módulo de Pensamiento dividido, a su vez, en dos núcleos temáticos: la filosofía y la teología. En el primero se presentan los diversos aportes del pensamiento franciscano en ámbitos como la metafísica, la epistemología, la antropología y la ética. En el segundo, el teológico, se hace una introducción a la teología espiritual; se presentan los diferentes elementos del universo teológico-franciscano y, finalmente, se hace una presentación sucinta de la contribución franciscana a la teología moral.

El Módulo de Escritos, Biografías e Historia, contiene una introducción general a los escritos de Francisco y Clara; dedica cuatro asignaturas diversas al estudio de los textos legislativos, las cartas, admoniciones y oraciones. Otra asignatura presenta la cuestión franciscana así como la hagiografía franciscano-clariana. También se incluyen tres asignaturas que presentan el franciscanismo desde su contexto histórico: partiendo de la sociedad medieval en que surgió hasta la historia del movimiento franciscano más reciente.

En el Módulo de Franciscanismo y Sociedad actual, se continúa con la imbricación social del legado franciscano pero ahora en el contexto más actual: los retos que la sociedad presenta; el franciscanismo y su relación con las estructuras económicas, la pobreza y la desigualdad. Y, finalmente, la relación de Francisco con el movimiento ecológico contemporáneo.

El Modulo de Formación, abarca tópicos como el vocacional, el proceso de crecimiento humano y espiritual y la crisis de la vida religiosa.

En el Módulo Franciscanismo y Arte se presentan las manifestaciones artísticas de la impronta de Francisco y su movimiento: en la iconografía, la arquitectura y el cine.

En la última semana del curso, se programa una visita a Asís y a los lugares franciscanos.

Finalmente se dispone la elaboración de un trabajo de investigación y/o recopilación monográfico con el que se concluye el Programa, dirigido por uno de los profesores de la Escuela. A este trabajo también se le han asignado créditos de valor académico dentro de la estructuración general del curso.

Sea el momento para anotar que la asignación de créditos de valor académico, así como las reformas recientes a nuestro Programa Académico, basadas en el Plan Bolonia, persiguen el reconocimiento de parte de alguna institución académica, concretamente se han entablado conversaciones para el efecto con algunas facultades de Teología de universidades católicas.